В структуре Экономического университета – Варна включены основные и обслуживающие звенья.

Основные звенья в ЭУ-Варна: факультеты, колледжи и отделы. Органы управления факультетов: общее собрание, Совет факультета и Декан. Обучение для получения образовательно-квалификационной степени "бакалавр" в Экономическом университете – Варна осуществляется на следующих четырех факультетах: "Финансово-бухгалтерский", "Хозяйственный", "Управление" и "Информатика". Факультеты включают кафедры, которые обеспечивают обучение по одной или по нескольким  связанным специальностям.

Кафедра - это часть факультетов, колледжей и департаментов, которая осуществляет учебную и научно-исследовательскую деятельность по одной или группе связанных дисциплин. Органы управления кафедрой - Методический совет кафедры и Руководитель кафедры.

Департамент является основным звеном Экономического университета – Варна, объединяющим кафедры для обеспечения обучения по одной или нескольким дисциплинам, которые не составляют специальность. Департамент "Языковое обучение" включает в себя следующие кафедры: "Славянские языки" и "Западноевропейские языки". Он организует обучение болгарскому языку иностранных студентов и изучение иностранных языков в Университете.

Колледж по туризму – Варна – это основное звено Экономического университета – Варна. Он является преемником первой в Болгарии высшей школы для подготовки специалистов в сфере туризма, гостиничного, ресторанного дела. Созданный в 1963 г., колледж получил общественное признание Института международного туризма (ИМТ). Колледж проводит обучение исполнительских и средних руководящих кадров по четырем специальностям: "Менеджмент туризма", "Менеджмент свободного времени", "Менеджмент гостиниц и ресторанов" и "Менеджмент в туризме" с обучением на русском языке. Выпускники колледжа получают диплом "профессиональный бакалавр по туризму", соответствующий европейским стандартам профессионального высшего образования - 3 года обучения, 180 кредитов. Получившие образовательно-квалификационную степень "профессиональный бакалавр по туризму", могут продолжить свое образование для получения образовательно-квалификационной степени "магистр" в этом же профессиональном направлении - "Туризм". Сайт колледжа туризма: www.ct-varna.com

Центры

• Центр "Обучение магистров" (ЦОМ) осуществляет деятельность по подготовке, организации и выполнении при поступлении студентов в степени "магистр". Отвечает за всю учебную организацию студентов степени "магистр" - от подачи документов до их дипломирования.
• Центр электронного и дистанционного обучения (ЦЭДО) организует дистанционную форму обучения в степени "бакалавр" и "магистр".

Обслуживающие звенья Экономического Университета – Варна: отдел "Учебная деятельность и студенты" (УДС), отдел "Правовое обслуживание и общественные заказы", отдел "Научно-исследовательская деятельность и докторантура" (НИДД),  отдел "Международное сотрудничество" (МС), отдел "Социальные и спортивные виды деятельности", отдел "Информационное обслуживание (ИТО)", отдел "Хозяйственная и инвестиционная деятельность" (ХИД), сектор оценки, поддержки и послеаккредитационного контроля качества обучения,  сектор "Связи с общественностью", сектор "Реклама", сектор "Управление проектов", сектор "Алюмни и карьеры", "Студенческие стипендии и общежития", Центр "Обучение магистров",  Центр "Электронного и Дистанционного обучения", Центр качества обучения, университетская библиотека, университетское издательство "Наука и экономика", исследовательские центры, университетский спортивный комплекс (УСК), университетский культурный центр (УКЦ), лаборатории и другие административные обслуживающие структуры.

Обслуживающим звеньям  Экономического Университета – Варна помогают органы управления, основные звенья,  осуществляющие учебный процесс и научно-исследовательскую деятельность.