Высшим органом управления Экономического университета – Варна является Общее собрание. Оно состоит из 95 членов. Общее собрание тайным голосованием выбирает Академический совет и Ректора Университета. Оно утверждает, дополняет и изменяет Правила деятельности Университета.

Академический совет определяет и руководит целостной образовательной, научной и кадровой политикой Университета. Он принимает решения, касающиеся структуры Университета, учебной нагрузки, утверждает специальности, формы и степени образования студентов, утверждает правила осуществления учебной и научной деятельности. Состоит из 35 членов – преподавателей, студентов, докторантов, представителей административного персонала.

Ректор руководит заседаниями Академического совета и отвечает за целостную деятельность Университета. Ректору помогают четыре проректора и один помощник Ректора.

Орган внутреннего контроля Экономического университета – Варна является Контрольный совет. Он состоит из председателя, зам председателя и членов, которые бывают  преподаватели, а также представители студенческого совета. Контрольный совет  рассмотривает законность выборов для  руководящих органов университета и его основные звена, изготовляет заключение по проекту бюджета  Экономического университета – Варна и контролирует его реализацию.

Попечительский совет поддерживает Экономического университета – Варна  для осуществления эффективного и прозрачного управления и обеспечения качества образования и подготовки кадров. Он состоит из 7 членов: дарители в Экономического университета – Варна, люди с активной социальной позиции, представители работодателей, профессиональных организаций; представители студенческого совета и министра образования и науки.

Отношение к деятельности органов управления имеет и Студенческий совет. Его статус и деятельность регламентированы Законом о высшем образовании и связаны с защитой интересов студентов. В Студенческий совет входят представители студентов всех специальностей и представитель докторантов. Его члены участвуют в руководящих органах Университета. В структуру Экономического университетa – Варна входят основные и обслуживающие звенья.